طیف سنجی جرمی (MS) یکی دیگر از آنالیزهای طیف سنجی است که شامل جداسازی یون های یک یا چند اتمی بر پایه نسبت جرم به بار و اندازه گیری فراوانی یون ها در فاز گازی می باشد
در این آنالیز با بهره گیری از میدان های الکتریکی و مغناطیسی به بررسی نسبت جرم به بار مولکول ها پرداخته می شود.
شناسایی ترکیبات خالص آلی و حضور یا عدم حضور گروه های عاملی در ترکیبات آلی